Oleh karenanya pengembangan penyelenggaraan sistem pendidikan di lingkungan UNIMED pada pasca konversi mencakup dua komponen utama yaitu pengembangan jenjang dan atau program studi, serta pengembangan kurikulum. Secara filosofis pengembangan sistem ini merupakan landasan utama untuk mengembangkan komponen Iainnya. Pengembangan sistem juga bersandar pada landasan atau arab yang telah dirumuskan baik dalam visi dan misi maupun dalam Pola Ilmiah Pokok (PIP). Dalam hal ini, PIP UNIMED adalah “industri, pariwisata. dan kependidikan”. Dengan memperhatikan ketiga rujukan ini. setiap Jenjang dan program studi merumuskan visi dan misi masing-masing di bawah payung PIP universitas.
Sejak UNIMED mendapat izin untuk menyelenggarakan program-program non kependidikan (dalam proses perluasan mandat), UNIMED terus berbenah diri dalam berbagai komponen utama pembelajaran seperti penyiapan kurikulum, peningkatan mutu dosen, peningkatan sumber-sumber belajar, serta peningkatan berbagai kelengkapan sarana dan prasarana pembelajaran. Setelah dibukanya program studi non kependidikan untuk jenjang S1. program studi itu selanjutnya menggunakan kurikulum yang dikembangkan berdasarkan konsep “resources sharing”. Konsepsi dasar yang dianut UNIMED dalam mengembangkan jenjang dan program studi adalah “multi entry - multi exit”. Suatu konsep yang menganut lebih dan satu jalur masuk dan lebih dan satu jalur keluar. Dalam konsep ini pemilihan jalur kependidikan (dik) atau non kependidikan (non dik) dilakukan sejak awal mahasiswa masuk ke UNIMED. Saat ini UNIMED telah mendapat kepercayaan untuk menyelenggarakan sebelas program studi non kependidikan yaitu program studi Kimia, Biologi, Fisika, Matematika, Ilmu Keolahragaan, Bahasa Inggris, Bahasa Indonesia, Akuntansi dan Manajemen serta dua jenjang program studi diploma tiga (D3) teknik yaitu program studi Teknik Sipil dan Teknik Mesin.
Atas dasar konsep ini, sejak tahun akadernik 1999/2000 “kurikulum bersama enam semester” telah dikembangkan untuk jenjang S1 dan diimplementasikan pada tahun ajaran 2000/2001, yang selanjutnya disebut dengan “kurikulum 2000”. Dalam kurikulum ini, bobot materi bidang studi mahasiswa alur kependidikan sama dengan bobot dan mata kuliah enam semester pertama mahasiswa jalur non kependidikan. Dalam kurikulum ini juga ditawarkan kemungkinan lulusan memperoleh dua sertifikat, yaitu sertifikat sarjana bidang studi dan sertifikat keguruan. Proses pemerolehannya dengan menambah waktu belajar 2-3 semester setelah memperoleh salah satu sertifikat.
Dalam rangka mengantisipasi tuntutan pasar kerja yang mengedepankan kompetensi dalam berkompetisi, maka sejak tahun 2004 Unimed telah mengembangkan kurikulum berbasis kompetensi. Mulai Tahun Akademik 2005/2006 KBK diimplementasikan bagi mahasiswa angkatan 2005/2006. Penyelenggaraan pendidikan dengan KBK menuntut terjadinya perubahan paradigma pembelajaran yang cukup signifikan dan pembelajaran yang berpusat pada dosen menjadi pembelajaran yang berpusat pada mahasiswa. Pada momen KBK akan diimplementasikan di Unimed, pemerintah pada tahun 2005 meluncurkan Peraturan Pemerintah No. 19 tentang Standar Nasional Pendidikan yang berisikan 8 standar pendidikan, yaitu : standar isi; standar proses; standar kompetensi lulusan; standar pendidik dan tenaga pendidik; standar sarana dan prasarana; standar pengelolaan; standar pembiayaan; dan standar penilaian pendidikan.
